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Programmation R



Poitiers - UFR Sciences Fondamentales et Appliquées

Prérequis

Notions de bases des biostatistiques.

Objectifs / Compétences

1. Utilisation de R, pouvoir écrire un script pour mener une analyse de données : Savoir importer des données, les représenter graphiquement, en faire une analyse statistique.

2. Savoir utiliser l'aide de R et l'aide en ligne pour être un utilisateur autonome.

3. Utilisation de R pour représenter et analyser les données d'expression génétique : savoir dégager de l'information d'un grand volume de données.

Contenu

Ce module a pour but de former à l'utilisation (en ligne de commande/réalisation de scripts) du logiciel libre R reconnu par la communauté scientifique comme incontournable pour mener des analyses statistiques fines, comme celles requises par les données d'expression génétique (transcriptomique/protéomique).

Ce langage permet de gérer aisément un grand nombre de grandeurs statistiques qui doivent être considérées simultanément (approche descriptive cellulaire globale).

On apprendra à utiliser les méthodes statistiques avancées nécessaires à l'étude de ces données complexes, telles l'analyse en composantes principales, le modèle linéaire, les méthodes de classification... 

Présentation des différents modules de R, en particulier bioconductor.

Structure des données sous R, rudiments de calcul matriciel.

Principes de programmation en R.

Utilisation de R pour l'analyse des données d'expression génétique, étude de cas concrets.

Horaires

Cours : 12h   Travaux dirigés : 4h   Travaux pratiques : 12h   Total : 28h

Crédits européens

3 ECTS